ок. а из-под обычного пользователя наутилус запускается? что вылезает в консоли при запуске наутилуса из-под рута?
но еще раз повторюсь - использовать наутилус в данной ситуации не совсем корректно, но, может быть, привычнее, не знаю, это уже дело вкуса.
для удаления - sudo rm [...]
для правки - sudo vim [...]
ну или apt-get install mc && sudo mc /var/www
и там, нажав кнопочку F4, правишь файлы.
плюс ко всему, так быстрее в плане потребления системных ресурсов.