Мой вариант. У клиента должен быть хотя бы ssh-сервер. (sudo apt-get install openssh-server). Также необходимо знать имя/пароль с достаточными правами на машине клиента.
1. Определяем ip-адрес клиента, если не знаем статического. Вот тут может пригодиться сайт: зашёл и увидел свой ip.
2. Заходим на клиентскую машину по ssh. Дальше, если необходимо правим настройки, устанавливаем и настраиваем удалённый рабочий стол (VNC), корректируем настройки софта и т.д. Клиент не мешает (лишь бы не перезагружал машину). Кстати, для него активность по ssh остаётся практически незаметной, разве что машина может подтормаживать при настройке вновь закачанных пакетов.
3. При запуске VNC клиенту нас уже видно, но тут всё как обычно

.
4. При повторном обращении VNC настраивать уже не надо. Только не забудь записать параметры, если изменял умолчания.
Главное, все описанные процедуры очень надёжны с точки зрения безопасности.