А, например, создать на рабстоле или панели кнопку запуска и вписать туда имя скрипта, который подключает/отключает vpn не проще? Все равно тот же *.desktop получится
У меня до того как NM начал справляться с vpn, были скрипты start-vpn и stop-vpn, лежали в /usr/sbin. А на панели просто кнопки делал, которые выполняли "gksu start-vpn" и "gksu stop-vpn"