Большое спасибо u-375 за идею.
Действительно, как я понял, network manager поднимал мои сетевые интерфейсы позже, чем запускался демон самба и даже чем срабатывал скрипт /etc/init.d/rc.local , поэтому введение принудительной минутной паузы в скрипте перед исполнением команды рестарта samba помогло:
sleep 60
/etc/init.d/samba restart
Проблема решена!