Если мой ответ еще полезен)):
Похоже, что Nautilus и, например, Krusader, берут информацию о типах файлов вначале из /usr/share/mime/ (там хранятся xml-файлы с описаниями типов) и /usr/share/applications/ (в этой директории - привязки типов файлов к программам (в файле default), в desktop-файлах находится краткое описание программы и параметры запуска), а затем просматривают ~/.local/share/mime/ и ~/.local/share/applications/ (в этих директориях как раз и хранятся все правки, которые сделал пользователь). А вот GC почему-то в последних двух не ищет. Поэтому как вариант можно править основные конфигурационные файлы (те, что в /usr/).