в них прописано какие типы файлов с помощью каких программ открываются.
в /usr/share/application/default.list - глобальный список, т.е. для всех пользователей.
в /home/user/.local/share/application/default.list - локальный, т.е. для определенного пользователя.
если зависимость есть в локальном списке, то она берется оттуда. если в локальном нет каких-либо зависимостей, то эта информация берется из глобального списка.