Все-таки, мне кажется, что нужно воткнуть в комп с Windows и посмотреть на реакцию..... Похоже на то, что флешка не была извлечена правильно (т.е. через безопасное извлечение). если в Windows увидится и отключится правильно, то и в Ubuntu будет все в порядке. У меня была практически похожая проблема с жесткими, еще когда Windows второй операционкой стояла. Если нажать на ресет, то иногда диски не монтировались, а если монтировались то как-бы пустые (в Сусе такое было). Причем ругалась именно на то, что "некорректно завершена работа с диском. зайдите в Windows и корректно перезагрузитесь".......