Попробуй в настройках Вайна (вкладка "Графика") убрать галочку против "Разрешить менеджеру окон декорировать окна". Менеджер перестанет декорировать окна (они станут чисто виндовыми, не будут отображаться на панели задач, и т. д.) и многие глюки связанные с этим исчезнут.
Если не хочешь, чтобы так было для всех виндовых приложений, то, на вкладке "Приложения" добавь (кнопкой "Добавить приложение...") конкретный экзешник, выдели его, а дальше сделай, то что написано выше (перейди на вкладку "Графика" и т. д.), в данном случае все настройки будут только для данного экзешника...