Совет раз: поставить deluge, трансмиссия, мягко говоря, убога. Deluge не рушился у меня ни разу.
Совет два: настроить ssh.
Совет три: скрипт, проверяющий переодически работает ли то или иное приложение и запускающий его ежели что написать не сложно, но см. пункт раз.