На винде я привык, все разбивать по папкам и дискам, в Linuxе все по другому, куда вообще лучше кидать таки папки как Projects, Soft Installers, Project documentations, Frameworks, Library, Temp и др.
Кидать все в хом как то не очень, уж много там всего будет. Может еще куда можно...