Kwah,
Почитайте стандарт дерева каталогов Linux и у вас не будет таких вопросов.
Все ИСПОЛНЯЕМОЕ должно находиться в каталогах:
/bin Основные системные комманды.
/usr/bin пользовательское программное обеспечение
/usr/local/bin для собранных локально
~/bin пользовательские скрипты, если это разрешил админ, дав на /home exec
Аналогично и sbin только в нем находятся программы предназначенные для администрирования.
У-у-у, стандарты... соглашения... Они, между прочим, делаются для людей, являются по большей части рекомендательными и постоянно эволюционируют. Про /etc/ уже написали, ещё есть /opt (тоже стандартный ага) /home/$USER/bin кстати в FSH не упоминается, да и сам /home по стандарту необязателен

В общем, про выделенное в цитате красненьким: по крайней мере никто никому ничего не должен — это раз, пользователь волен делать в своём каталоге на своём десктопе всё, что угодно — это два. Вспоминаем, что скрипты и их возможности используются не только для поддержания работоспособности системы, но и как инструментарий в повседневной работе, например, как дополнительные инструменты в программных проектах.
Вы не поняли, да скрипты - можно расценивать двояко, только вот все вменяемые файлменеджеры именно по расположению определяют действие с таким файлом. Если он в каталогах в PATH, то это программа, если нет, то текстовый файл.
Ну, конечно же, я ничего не понял. Странные у тебя стандарты вменяемости. Для меня вменяемый файловый менеджер должен как минимум проверять текстовый файл с аттрибутом +x на #!