Скорость вращения вентиляторов, рабочие пределы температур, вообще-то, настраиваются в BIOS и никакого отношения к windows не имеют. А то, что весь системный блок был забит пылью, так это халатность пользователя, а не системы.
Мы сейчас не про настройки, которые из коробки должны быть (и всегда бывают) адекватными. Кроме того, Вы можете теоретизировать сколько угодно, насчет того, что за что отвечает - я же просто рассказываю, что имело место быть на моём LG S1-P555R, Windows XP Pro SP3 со всеми обновлениями и Ubuntu 8.10 со всеми обновлениями. И все очень просто: при 100 градусах хотя бы на одном ядре одна система гасит ноутбук, другая - работает дальше.
Что же до BIOS, то к тому, что сказал
sht0rm насчет настроек, мне остаётся только добавить две мысли:
1. Практически любой ноутбук при загрузке говорит "System BIOS shadowed", "Video BIOS shadowed" и т.д. и т.п. Что он там скрывает лично мне непонятно, вполне может быть, что это сказывается на п.2.
2. Что-то мне подсказывает, что не BIOS что-то выключает или включает, а ОС "просит" BIOS сделать то или иное (примерно так, быть может, как взаимодействует программа и виртуальная машина - будь то MS CLR, или JRE, или ещё что-то).
во-первых забыли процессор.
Во-вторых написали немного не то. 
1. Температура Вифи модуля для десктопа - пшик.
2. Память пока еще без активного охлаждения. В ноутах память с радиаторами не встречал. Да и ддр2 в них 667 МГц. А в новых уже ддр3 которая гораздо холоднее.
3. Плотность транзисторов растет, никто не спорит, НО вместе с этим понижается напряжение от которого работает тот или иной чип. В итоге TDP С2D серии T = 35 Вт. Серии Р = 25Вт.
Аналогично по видеокартам. нвидиа 8400 - горячее чем 9500. (с топовыми версиями несколько иначе)
Не забыл, просто с процессором все более или менее понятно каждому, да и система охлаждения на нём всегда серьёзная.
1. Ну я про ноутбуки в первую очередь. В системниках все зависит от количества вентилляторов и расположения элементов на материнской плате, но вцелом все верно - там эта проблема остро стоять не должна.
2 и 3. Без активного и без радиаторов, поэтому свои 5 копеек в температуру внутренностей вносит. Что же до "похолодания" в связи с прогрессом, тут, знаете, чисто инженерный вопрос - идеала нет, потому что ключевые параметры (как назло!) взаимоисключают друг друга.
Как следствие, чтобы было быстро и холодно, надо сделать ненадежно или громоздко, например. Другими словами, DDR'ы DDR'ами, ватты ваттами, а в итоге будет скорее всего та же температура, а чаще - чуть выше. Это может происходить по самым разным причинам, перечислять которые будет долго и неинтересно, но пока не будет ПРИНЦИПИАЛЬНО новой конструкции - не будет "счастья"

Это так чисто из своего опыта могу сказать.