Как вариант, если система монтирует, как диск, то он долже появляться в наутилусе (о чем писал предыдущий оратор) и как значок на рабочем столе (если показ значком монтируемых устройст не отключен в настройках).
Тогда его можно отмонтировать (или через команду umount или ПКМ на значке), а потом извлекать.
Если система его не замечает, то можно сразу смело вытаскивать. (у меня сейчас подключен Мегафоновский Huawey E220 - система его определяет только как модем). Кстати, встречал (у знакомого) МТС-овский модем (фирму и модель не помню) - в нем была съмная флешка (MicroCD) - вот она определялась, как флешка и ее нужно было отмонтировать