Ссылки в Linux не то же самое, что ссылки в Windows, рекомендую изучить этот вопрос. Для создания ярлыка надо использовать не ссылку, а собственно ярлык (он же кнопка запуска, он же .desktop файл).
Автозапуск находится в Система->Параметры, там либо Сеансы (для Ubuntu до 9.04), либо Запускаемые приложения для 9.04.