Нет, из домена NIS. Если доменный пользователь не имеет домашнего каталога, то при входе (с клиентского компьютера) Ubuntu предлагает, мол нет домашнего каталога, давай создам. Вот откуда она создает его? Подозреваю, что из скриптов генерит.
Ну или по другому вопрос спрошу: если в /etc/skel ничего почти нет (пара конфигов для bash), получается, что при создании пользователя ему создается почти пуская домашняя папка. При входе же пользователя, Ubuntu ему создает всю структуру каталогов. Откуда она их берет?