После ./configure --with-command-group=nagcmd из этой инструкции ошибок нет? Если есть напиши какие, возможно ты что то из нужных пакетов недоставил перед тем как собирать нагиос. Вышеупомянутый скрипт для автозагрузки я ставил просто потом снял автозапуск, в серверном варианте это легко делается вебмином а декстопном просто находиш службу nagios и снимаеш с автозапуска. Какой дистрибутив? У меня на 8.04 всё гладко. И лучше ставить версию 3.0.6 так как 3.1.0 это тестовая и стабильный релиз будет теперь каждым чётным, тоесть 3.2.0