Linux на то и серверная операционка, чтобы делать всё автоматически, избавляя от рутинных операций.
вот пример строчки конфига в Incrontab, который реализует решение
1 2 3
/media/share IN_MOVED_TO /usr/local/bin/abcd $#
1 наблюдаемая диретория
2 IN_MOVED_TO реагировать на событие - Файл был перемещен в наблюдаемую директорию
3 запускаемый скрипт, которому через $# передаётся имя файла. в скрипте анализируется расширение и удаляется файл.
а можно сделать ещё лучше, среагировать на чтение и проверить mime тип файла

тогда и смена расширения не поможет, но это будет замедлять работу