Утилита вам конкретно говорит, что есть различия между основным и резервным загрузочным сектором диска.
А дальше вы походу дела выбрали не правильный вариант. Нужно было копировать из резервной в основную и после этого все пошло поехало. Скопируйте всю важную информацию которую возможно и форматните флешку:
sudo mkfs.vfat -F32 /dev/sdX
где X это имя раздела вашего флэш-диска, например /dev/sdc1.