Написал небольшой скрипт (версия пре-альфа

), в первом приближении работает, т.е. позволяет менять статус скайпа из апплета-индикатора.
Для работы необходимо установить: python-dbus и python-skype, скачать скрипт
http://www.shabono.ru/media/skype_indicator.py Запускать после запуска скайпа командой: python skype_indicator.py
Из недоработок:
Не работает в обратную сторону, т.е. из скайпа не меняется состояние апплета.
Еще из глюков апплета заметил, что он на выбор пункта "невидимый" генерирует событие "занят". Т.е. переход в невидимый режим не работает, в empathy такая же бага.
Скрипт надо запускать после запуска скайпа, он не умеет ждать/следить когда скайп запущен и подключаться к нему. Теоретически можно доделать.
Короче принципиальная возможность интегрировать это хозяйство есть, любой может дописать.
Так же как-то делал замену стандартных скайповский всплывающих сообщений на гламурные ubuntu, тоже можно прикрутить