Есть, но не особо конструктивная. Но раз Вы настаиваете...
Вероятно, придется переписывать эту xPrint в виде фильтра для CUPS. Алгоритм-то известен?
По словам linux barcode printer находится немало всяко-разного, но насколько оно подходит - ХЗ.
Да, aptitude search barcode тоже что-то показывает.
PS. Насколько я понимаю, эта виндовая утилитка написана либо в банке, либо по их заказу, и за ее деятельность банк спокоен. А с самодеятельностью могут возникнуть проблемы. Т.е. Вам необходимо будет согласовать этот вопрос с банком.