Инструменты для проектирования БД и для администрирования БД - суть разные вещи.
Это я понимаю.
Кто бы был против, если бы это было все в одном.
Ну уж, если говорить честно, но лучшим вариантом являются скрипты под bash.
Тогда запустив их, можно
- восстановить структуры БД от печки
- переделать структуры таблиц.
Если речь идет о визуальном проектировании, то можно через ODBC (или что-то другое) законектиться и работать в ОpenОffice (базы данных).
PS. Но по поводу phpMyAdmin хотелось бы услышать мнения от людей в ней поработавших.