Т.е. меняем ту мышачью тему, которая выводится до загрузки темы GNOME или KDE (с кедами не проверял).
Меняем (разумеется) на ту, которая используется в оболочке.
sudo update-alternatives --config x-cursor-theme
Ищем в списке номер установленной в оболочке темы и вводим его. Жмём Enter.
Вот, типа, и всё

Спасибо Kwah, который и нашёл сей метод, но почему-то решил в HowTo не выкладывать
