Ставим CompizConfig Settings Manager (CCSM), запускаем, идем в Desktop Cube, на вкладке Behavior убираем галку у Inside cube.
Кстати, есть еще удобная утилитка - Fusion Icon, висит в системном трее и позволяет запускать конфигурацию или перезапускать compiz, если он падает.