обычно с помощью patch делается.
если патч просто файлом (текстовым с кучей строк), тогда в папке с исходниками
cat /path/filename | patch -p1 --dry-run
ежели запакован чем, то
bzip2 -dc /path/filename | patch -p1 --dry-run
ну или gzip вместо bzip2. если все ложится ровно (в выводе команды должны быть только строки "patching file бла-бла-бла") - то же самое, но без --dry-run. если нет - несоответствие версий или еще что, лучше не портить, а поискать патч для подходящей версии или обратиться куда следует.
как вариант, сам патч может быть скриптом. тогда его просто запустить нужно будет в рабочей папке. ну и еще в архиве может ридми до кучи валяться)))