Столкнулся с точно такой же проблемой.
Синхронизация дисков, вроде прошла, но при проверки рейда выдается
# / was on /dev/md2 during installation
# /home was on /dev/md3 during installation
# swap was on /dev/md1 during installation
И что это может быть?
Загрузчик кстати поставился нормально.