Только они забыли уточнить, что некоторый софт ставится не в /usr, а в /opt. Забыли упомянуть, что в /boot хранятся не программы а ядра. Все настройки приложений хранятся в /home, достаточно выделить под него отдельный раздел, чтобы сохранить, все ваши пароли, закладки, настройки программ. Весь скачанный вами софт хранится в /var/apt/archives достаточно выделить под него отдельный раздел, а после переустановки перейти в данный каталог и установить все *.deb.
Теперь о целесообразности, разводить такой зоопарк разделов я считаю не разумным (у каждого свои доводы). Для меня хватало всегда отдельно выделенного раздела /home. После установки и настройки нужного софта, проще воспользоваться Remastersys Backup и сделать свой Live DVD.