Вроде подобная ошибка возникает, когда партиция с Linuxом встаёт перед партицией с виндой. Решается редактирование boot.ini: загружаете Linux, монтируете раздел с виндоусом, в корне раздела должен быть boot.ini, которые не забываете скопировать. Файл будет выглядеть примерно следующим образом
[boot loader]
timeout=1
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)\WINDOW S
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)\WINDOWS="Micro soft Windows XP Professional" /fastdetect
Если, например, партицию под Linux сделали 2, то windows, тогда будет в 3, т.е. в boot.ini, меняете номер партиции.