Я всегда пользовался командой rsync. Но, в принципе, утилиты с гуем не хуже.
1. Можно попробовать luckyBackup. Требует рутовских привилегий для запуска; собственно, это гуй к rsync. Преимущество - передает только измененные данные, это особенно ощутимо, когда бэкапится через сеть. Можно настроить расписание.
2. Deja-dup - проще не бывает. Только две кнопки: Backup и Restore. Только сначала нужно выбрать что и куда копировать. Тоже можно настроить расписание.