на счёт старых пакетов мне помогает aptoncd, можно указать добавлять или нет старые пакеты, также помогает sudo apt-get autoclean, удаляет те пакеты из кэша, которые нет в источнике репозиториев (например, старые), с ним нужно быть поосторожней, если приходится постоянно менять источники