У меня гном фаллбак. Так если я завершаю работу гном панели, то Alt+F2 перестает работать. Если запускаю панель, то эта же комбинация клавиш начинает работать.
Так что в гном фаллбаке похоже эта запускалка как элемент панели.
В юнити наверно так же.
Так что ставь дополнительную программу и не мучайся.