Ну что ставить тебе уже посоветовали выбирать тебе.
На счет RAID. Если сервер просто для 1С то я вообще не пойму зачем он нужен.
На счет разметки лучше под систему возьми отдельный хард гигов на 10, разметка на нем пусть будет автоматическая
Для баз возьми другой хард форматни его в ext3 и подключи к системе.
По поводу установки Samba погугли по форуму, в случае с CentOS просто yum groupinstall "Windows File Server" (под root'ом)