Тоже была такая ситуация, вышел из положения следующим образом. Грузим linux, выстывляем в нем правильные параметры кнопочками на мониторе, затем загружаем Windows и выставляем там параметры монитора програмно, то есть из диспетчера монитора Nvidia или ATI. После этого ничего не сбивается.