Файловая система NTFS не поддерживает режимы доступа файла *nix. То есть отдельно его сделать исполняемым не удастся. Наверное можно подмонтировать ntfs раздел так, чтобы на фсех файлах еэтого раздела был бит исполнения, но как - не подскажу.
А пока запускай его вручную через bash или sh, например:
bash /путь/к/файлу/скрипт.sh