Аrtvicious, специально попробовал - качнул восьмигиговый файл на ntfs. Без проблем
Мои условия:
1. Нтфс - партиция на отдельном винте
2. Драйвер ntfs-3g
3. Клиент Deluge
4. Папка скачивания и хранения совпадают
ПС - скорость во время закачки не снижалась (около 5 мб/с). Такшта не знаю. Пусть вон рейзер-очевиднов анализирует.
А вообще, в качестве компромисса -ставь Deluge, указывай папку скачивания на нормальном диске, а папку сохранения на NTFS.