iloveooz,
Если видео интерлейсное или ваши срезы приходятся на Inter-кадры - то всегда будет большой риск появления подобных артифактов от которых вас не спасёт режим COPY, который ни как не влияет на отработку промежуточных кадров, ибо он их тупо КОПИРУЕТ а не обрабатывает...
Для полноценной работы с видео, особенно когда вы монтируете или вырезаете - видео предварительно, лучше распаковывать в RAW-формат...
смотрите здесь:
https://help.ubuntu.ru/wiki/ffmpeg - последний раздел
Применение, начало... Про типы кадров см. главу
немного теории - gop