программа их не видит......
Что значит не видит? Не появляется в окошке программы? У шифрованных файлов нет никакого особого формата или расширения, так что они должны появляться там как обычные файлы. А другие, например, текстовые, файлы видит? Если нет, то проблема, скорее всего, не в самих файлах.
Я пользуюсь родной программой TrueCrypt. В репах нет, но есть на оффициальном сайте deb пакет. Скопировал зашифрованный файл на флешку, а потом открыл его с нее. Все сработало.
А если "не видит" означает, что "не может открыть", то, возможно, эти файлы накрылись вместе с винчестером (т.е. повреждены).