ext4, если я не ошибаюсь, в конец никогда не пишет, а вот Windows на ntfs пишет ещё как, так что, если планируешь отрезать от виндового раздела, то сначала дефрагментируй.
Ну и если разделы стоят один за другим, то уменьшить оба и объединить вряд ли получится. Если всё-таки надо отрезать от двух разделов, то лучше сначала отрежь от первого, прицепи это ко второму, потом уже отрезай от второго.
Вряд ли я компетентен в этом вопросе, но, имхо, это наилучший выход.
З.Ы. Но всё равно лучше на всякий случай скопировать важные файлы на флешку.