Идея - использовать простое копирование файлов. Напишу общую схему, сам никогда так не делал. Но с раздела на раздел систему переносил, даже с изменением файловой системы.
1) посмотреть, как примонтирован корень (файловая система, лежащая в файле root.disk) в работающей ubuntu
запомнить вывод команд mount и cat /etc/fstab
отмонтировать /dev/sda1 и отфроматировать в выбранную вами файловую систему ext3 или ext4 и т.п.
2) загрузиться с liveCD, примонтировать диск корня так, как это было в установленной ubuntu, скажем, в /mnt/1/, примонтировать /dev/sda1, скажем, в /mnt/2/
3) скопировать все файлы из /mnt/1/ в /mnt/2/ с сохранением прав с помощью опции -a
sudo cp -a /mnt/1/* /mnt/2/
4) отредактировать /mnt/2/etc/fstab, исправив монтирование корня на стандартное типа /dev/sda1 / ext3 defaults 0 1
5) воспользоваться мануалом по восстановлению загрузчика. Наверняка система в /dev/sda1 будет обнаружена и добавлена автоматически.