На нормальном рабочем диске этого быть не может в принципе. Linuxу глубоко на*ать на те права, что прописаны виндозой для своих папок. Он видит и удаляет всЁ (правда удаляет слегка кривовато), но тем не менее всЁ. Возможно (но не факт) - траблы с самим ntfs диском, типа таблицей файлов. Так что попробуйте проверить диск на ошибки. А вот это, чтобы там не говорили (имхо) лучше делать из под виндозы.
Как то косячнул при установке семерки, и остались старая папка windows, тоже от семерки. Новая семерка визжала и ругалась при попытке одним махом удалить эту папку. Из под ubuтu махом и без тупых вопросов. И вы говорите папки пользователей.