rc.local наверное самое близкое к "автоэкзеку" место.
Но опять же, это сильно зависит от того, какие именно программы ты запускаешь.
rc.local запускается на каждом уровне выполнения и сейчас практически нигде не используется, кроме. наверное серверов.
Для автозапуска приложений, служб лучше использовать скрипты System V, используемой в Debian, и ,как следствие, в Ubuntu. А еще лучше использовать используемую в Ubuntu систему Upstart.
Я бы не советовал использовать rc.local, тем более Upstart интеллектуален и не сложен в настройке.
Тем более для VNC server. Поднимать его правильно будет именно через System V или Upstart.
Но мат. часть придется учить.