NTFS - зло, тем более при работе с торрентами. Драйвер ntfs-3g работает не слишком быстро, фрагментация файлов тоже делает свое черное дело.
Несколько улучшить положение может установка параметра
"preallocation": 2
в ~/.config/transmission/settings.json
- тогда закачиваемый файл будет сначала создаваться на весь размер, а потом уже заполняться содержимым, и не будет такой бешеной фрагментации.
Еще один выход - настроить перенос закачек на другой раздел или физический диск после их завершения.