Помогло. Не знал про этот каталог, все пытался исправить скрипт в /etc/init.d.
Теперь возникла другая проблема. transmission-daemon пари старте системы запускается от имени пользователя debian-transmission, что абсолютно правильно с точки зрения безопасности. Беда в том, что при запуске он меняет права доступа на конфигурационный файл ~/.config/transmission-daemon, запрещая группе и другим пользователям к нему доступ.
GUI transmission с рабочего стола запускается от имени пользователя, не получает доступ к конфигу, не определяет статус существующих торрентов и все найденные торренты начинает качать заново.
Пытался запустить графическую часть из командной строки:
$ sudo -u debian-transmission transmission
Возникают ошибки:
No protocol specified
Не удалось открыть дисплей:
$ gksu -u debian-transmission transmission
ничего вообще не пишет, клиент не запускается.
Кто как решает проблему объединения демона и графической части? Если получится решить данную задачу, готов написать в соответствующем разделе подробное руководство.