cd ~ && apt-get source notify-osd && cd notify-osd*/src && gedit defaults.c
Ищешь строки
/* these values are interpreted as milliseconds-measurements and do comply to
* the visual guide for jaunty-notifications */
#define DEFAULT_FADE_IN_TIMEOUT 250
#define DEFAULT_FADE_OUT_TIMEOUT 1000
#define DEFAULT_ON_SCREEN_TIMEOUT 10000
Изменяешь таймауты на нужные тебе, сохраняешь, компилишь, и смотришь.