Интересный глюк.. Причин может быть множество, но если, как Вы пишите, из консоли залогинивание происходит нормально, а в графическом режиме сбоит, то копать надо в сторону повреждения порядка запуска скриптов. Если опыт использования Linux не очень большой, а важной работы в нём Вы ещё не начинали, то я бы рекомендовал снести и заново поставить либо графический рабочий стол, либо саму систему. Для новичка это будет проще, нежели выполнять советы по тестированию и отладке графической рабочей среды. Но это конечно крайнеее решение, для начала послушайте, может кто чего умного насоветует.
Среди нерадикальных мер можно проделать несколько простых финтов:
а) вы грешили на перестановку приложений? Верните все на места и посмотрите, исправится ли ситуация.
б) загрузившись в графическую среду, смените тему оформления, может быть сбой происходит при попытке загрузить чем-то попорченную тему.
в) поиграйтесь с настройками Система - Администрирование - Экран входа в систему.
г) добавьте нового пользователя и попробуйте залогинится под ним, возможно, что подпорчен профиль существующего пользователя.