На десктопе (11.04) в хомяке вообще нет .bashrc, но терминал исправно открывается в хомяке пользователя.
На ноуте (10.04.2) .bashrc такой:
if [ -f /etc/bashrc ]; then
. /etc/bashrc
fi
if [ -f /etc/bash_completion ]; then
. /etc/bash_completion
И тоже терминал открывается в ~.
У меня впечатление что у вас какой-то скрипт переназначает текущий каталог при открытии терминала с правильного.