>Информация о shortcuts хранится ...
>Если я вручную меняю в %gconf.xml ... он не меняется.
Неа, это лишь временное отображение, а на самом же деле оно типа в виртуальной ф.с/оперативке. Где же оно есть в доступном для редактирования виде не в курсе(раньше было в /var/lib, но ведь переход на dconf, бинарный формат(что там в этом третьегноме), перенос/интеграция и всё такое).Хотя такой файл должен быть(перезагрузки же).
Но по любому править вручную их не следует, use gconftool.