Eclipse, AFAIK, по-умолчанию собирает jar-файл и запускает его. А после javac получается обычный .class, поэтому либо запускаем из того же каталога, где находится .class файл, либо добавляем в CLASSPATH каталог, в котором он находится, например так:
export CLASSPATH=$CLASSPATH:/home/bagi/Work/
java one