IDE и компилятор - это 2 большие разницы.
Ну, я, собственно говоря, догадываюсь, что существует определённая (

) разница между этими двумя понятиями

Потому и спросил, что там за компилятор в Synaptic, у себя я там никакого не нашёл (по всей видимости дистрибутив старовт, у меня 9.04), а GNU ARM GCC - это собственно тот, которым пользуется Code::Blocks для ARM