Проще можно, сделал загрузочную флешку, а затем в отдельную папку залил все что тебе нужно и засунул внутрь флешки. Запустился с флешки, открыл в системе папку Файловая система, и вуаля, нашел там родную папку в той файловой системе что поддерживает Linux. И fat32 никчему.