Во-первых, это Форум русскоязычного сообщества Ubuntu Linux. Будьте добры выражаться на русском языке.
> 1. На какую систему выбрать для реализации NAT
Если немного погадать, и предположить, что вы имели в виду вопрос про выбор операционной системы для реализации шлюза, то, учитывая "Имел дело только с Ubuntu", ответ напрашивается сам собой.
> 2. Какую нибудь бесплатную биллинг систему
Не видел ни одной полностью функциональной, актуальной бесплатной биллинговой системы. То есть вообще. Для себя сам написал кое-что, но это скорее счётчик-индикатор, чем полноценный биллинг.
> а) Доступ к инету по mac+ip
При чём тут биллинг?
> (подскажите можно реализовать как нибудь через сертификат???)
Что реализовать? Привязку MAC к IP, доступ в интернет, ещё что-то, чего вы не понимаете, а я не могу догадаться?
> в) Блокировка портов для определенных пользователей. (p2p открыть необходимо только избранным)
При чём тут биллинг?
> Да, имеются 2 канала в инет.
Распределение нагрузки на несколько каналов. Классическая задача, решение гуглится за 15 минут.